Fakultas Agama Islam, sebelumnya merupakan Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Yapis Jayapura yang didirikan pada tahun 1997. asal mula pendiriannya didasarkan pada minimnya pusat kajian Islam saat itu khususnya di kota Jayapura dan Irian Jaya pada umumnya. Oleh karena itu beberapa pengurus Yapis dan tokoh agama terdorong untuk mendirikan Sekolah Tinggi Agama Islam sebagai jawaban atas permasalahan tersebut.
Pembentukan Sekolah Tinggi Agama Islam diawali dengan pembentukanTim untuk menyusun proposal, sehingga pada tanggal 20 Dzulqa’dah 1417 H/ 29 Maret 1997 Pengurus Pusat Yayasan Pendidikan Islam (YAPIS) Irian Jaya mengeluarkan Surat Keputusan Nomor: 42/KPTS/YAPIS/1997 tentang pembentukan Tim penyusun proposal dan pendiri Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Yapis Jayapura. Adapun komposisi Tim Pembuatan Proposal dan Pendiri Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Yapis saat itu sebagai berikut:

NO	NAMA	JABATAN
1	Drs. H. Fachrur Rozy Hasy	Penasehat
2	Drs. Zubair Dg. Husen	Panasehat
3	Drs. Urip Wahyudi, MS	Ketua
4	Achmad Rofi’I, SE	Sekretaris
5	Drs. Ibrahim Muhammad	Anggota
6	Drs. Partino, M.Pd.	Anggota
7	Drs. Alwi Tianlean	Anggota

Selanjutnya pada tanggal 25 Muharram 1418 H/01 Juli 1997 Pengurus Pusat Yayasan Pendidikan Islam (YAPIS) Irian Jaya melalui Ketua Umum Drs. H. Samsu Suriatmaatmadja dan Sekretaris Umum H. Ibrahim Sya’ban, BA mengeluarkan Surat Keputusan Nomor: 97/KPTS/Yapis/1997 tentang pengesahan berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Yapis Jayapura. Kemudian pada 24 Agustus 1998 Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam RI di Jakarta melalui Direkturnya Dr. H. Husni Rahim mengeluarkan Surat Keputusan Nomor: E/270/1998 tentang setatus terdaftar program strata Satu (S1) Jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Jurusan Bimbingan dan Penyuluhan Islam (BPI) Sekolah Tinggi Agama Islam Yapis Jayapura Irian Jaya.

Dalam perkembangannya Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Yapis Jayapura telah mengalami beberapa pergantian Ketuanya, diantara mereka yang pernah menjabat ketua STAI YAPIS Jayapura adalah:

1. Drs. H. Urip Wahyudi, MS

2. Drs. H. Abdullah Baasalem

3. Toni V.M. Wanggai, S.Ag, MA.

Seiring dengan perkembangannya, pada tahun 2006 Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Yapis Jayapura  bergabung dengan Universitas Yapis Papua dan merubah namanya menjadi Fakultas Agama Islam Universitas Yapis Papua Jayapura. Secara organisasi, saat ini Program Studi Pendidikan Agama Islam, berada di bawah Fakultas Agama Islam Universitas Yapis Papua. Adapun yang diamanahi sebagai Dekan Fakultas Agama Islam hingga saat ini adalah Dr. Toni V. M. Wanggai, S.Ag, MA.

Kemudian seiring berjalannya waktu FAI berganti nama menjadi FKIP UNIYAP berkembang sebagai bagian dari komitmen Universitas Yapis Papua dalam menyiapkan sumber daya manusia pendidikan. Berdasarkan dokumen yang tersedia, FKIP beroperasi seiring berdirinya Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar berdasarkan SK Dirjen DIKTI RI Nomor 1255/KPT/I/2018 tanggal 28 Desember 2018. Saat ini FKIP menaungi Program Studi Pendidikan Agama Islam dan Pendidikan Guru Sekolah Dasar.