Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Yapis Papua, sebelumnya merupakan Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Yapis Jayapura yang didirikan pada tahun 1997. Kemudian dalam perkembangannya tahun 2006, bergabung dengan Universitas Yapis Papua, sehingga mengalami perubahan nama menjadi Fakultas Agama Islam (FAI) Universitas Yapis Papua dengan menyelenggarakan satu Program Studi yaitu Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI). Selanjutnya tanggal 14 November tahun 2019, Fakultas Agama Islam (FAI) kembali mengalami perubahan nama menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan sebagaimana dalam Surat Keputusan Rektor Nomor 553/A-72/XI/2019, tentang Perubahan Nama Fakultas Agama Islam Menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan tahun 2019, dengan menyelenggarakan dua Program Studi yaitu Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD).

Berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor 1032/A-97/XI/2022 tentang perubahan nama dan pemisahan fakultas di Universitas Yapis Papua, Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dipisahkan dari Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan untuk membentuk Fakultas Agama Islam secara mandiri. Dengan demikian, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan hanya memiliki satu Program Studi, yaitu Program Studi PGSD. Namun, pada tahun 2025, berdasarkan keputusan pimpinan perguruan tinggi, Program Studi PAI kembali bergabung ke dalam Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.